Операция «Багратион» Летом 1944 года во главе армии успешно действовал в ходе Белорусской стратегической наступательной операции. В ходе Витебско-Оршанской фронтовой операции его армия прорвала в первый день мощную оборону противника, ударом с юга глубоко обошла Витебск с его несколькими полосами круговых укреплений, и встретилась с наступавшей с севера 43-й армией генерала Белобородова А. П. 1-го Прибалтийского фронта. В Витебском котле оказались окружены свыше 20 000 немецких солдат и офицеров. В результате этой операции за 4 дня боёв от немецких захватчиков было освобождено 447 населённых пунктов, в том числе Витебск и Орша. На втором этапе Белорусской стратегической операции 39-я армия была по решению Ставки Верховного Главнокомандования временно передана в состав 1-го Прибалтийского фронта, где в июле участвовала в Шяуляйской фронтовой операции. Затем, перед началом Каунасской фронтовой операции, перед ней была поставлена задача: овладеть рубежом Даугавпилс — Подбродзье и в дальнейшем развивать наступление на Каунас и Шяуляй. Перейдя в наступление 28 июля, войска армии во взаимодействии с 5-й гвардейской танковой армией развивали наступление севернее Ковно (Каунас) и к концу операции вышли на рубеж восточнее Расейняй — Раудоняны, где на позициях севернее Немана, у границ Восточной Пруссии, заняла оборону.