С августа 1941 участвовал в партизанском движении. Воевал в 262-м партизанском отряде Гомельского партизанского соединения Шилова. Весной 1943-го участвовал в больших многодневных боях в Лозовских лесах в Буда-Кошелёвском и Чечерском районах. В июле 1943-го группа партизан, в которой был Женя Силин, отбила у немцев под Речицей обоз с награбленным продовольствием, а также спасла более 30 человек от угона в Германию. В 1944 Евгения Денисовича зачисляют красноармейцем-курсантом Минского пулемётно-стрелкового батальона, а затем был направлен на Балтийский флот. В январе 1945 участвовал в боях в Восточной Пруссии.