Родился 26 августа 1908 года в селе Красное Ливенского района Орловской области в рабочей семье.

В 1941 году из Могилева в Полоцкий район Витебской области была направлена группа партийных работников во главе с Чернышевым для организации партизанских отрядов в тылу противника.

1 января 1944 года за успешное руководство партизанской борьбой, личное мужество и отвагу Чернышев был удостоен высокого звания Героя Советского Союза.

В 1944 году партизанское соединение, которым командовал Василий Ефимович Чернышев, встретилось с наступающими частями Красной Армии. Партизанское соединение участвовало в ликвидации группировки фашистских захватчиков в районе Минска.

Это была последняя крупная операция белорусских партизан под командованием Чернышева.