Родился в крестьянской семье в приволжском селе Медведицкое, что под Кимрами, 8 августа 1906 года. В Красной Армии с 1928 года.

Заместитель командира 8-го танкового полка 36-й кавалерийской дивизии 10-й армии Западного фронта интендант 3-го ранга Жунин встретил врага в маленьком пограничном городке. Спешно эвакуировав жену с двумя детьми, Жунин приготовился к боям. Его полк выдержал первый удар фашистов и, перейдя в контратаку, продвинулся вперед на 10 км, основательно потрепав механизированные части врага в районе польского города Ломжи. После авиационного налета и контузии, Жунин вместе с товарищами ушел в лес. С весны 1942 года в Круглянских лесах Беларуси действовал отряд Сергея Жунина, получивший порядковый номер 36.

15 августа 1944 года полковнику Жунину было присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда». Свои воспоминания он зафиксировал в документальной книге «От Днепра до Буга»