В октябре 1940 года Егор Федорович был призван в Красную Армию. Из «Личного листка по учету кадров» - с октября 1940 года по июнь 1941 года он был курсантом первой батареи 251 зенитного артиллерийского полка. С июня 1941 года по октябрь 1945 года Е. Ф. Антипенко был парторгом подразделения 1744 ЗАП Московского фронта ПВО. Из «Служебной характеристики» на химинструктора части п/п 55285 старшего сержанта Антипенко Е. Ф. от 16.10.1945 года: «Эа время службы проявил себя как дисциплинированный, способный организатор и руководитель, за что имел ряд благодарностей от командования части и подразделения». Был ранен. Из справки, выданной 01.10.1981 года, на основании архивных документов Клинической ордена Ленина больницей имени доктора С. П. Боткина г. Москвы -Егор Федорович находился в ней на лечении после ранения с 27 октября по 19 декабря 1942 года.