После окончания семи классов школы Николай Михайлович работал монтёром на Барнаульской телефонной станции, занимался в аэроклубе. В ноябре 1940 г Малахов был призван на службу в Рабоче-крестьянскую Красную Армию. В сентябре 1942 года он окончил Омскую военную авиационную школу пилотов. С июля 1943 года — на фронтах Великой Отечественной войны. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 29 июня 1945 года за «отвагу и героизм, проявленные при нанесении штурмовых ударов по врагу» гвардии капитан Николай Малахов был удостоен высокого звания Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда".