С первых дней Великой Отечественной войны Мирон Емельянович активно включился в борьбу с фашистскими оккупантами. Являлся одним из организаторов антифашистского подполья на Брестчине. Криштафович действовал в партизанских соединениях Ружанщины и Пружанщины. Был секретарем Пружанского антифашистского комитета (1941), начальником отдела Брестского межрайонного «Комитета по борьбе с немецкими оккупантами» (1942), заместителем секретаря Брестского областного антифашистского комитета (1943) и одновременно – комиссаром партизанской бригады имени П. К. Пономаренко (1943). Отвечал за агитационную и пропагандистскую работу среди населения оккупированных территорий.