В 1939 году был призван на срочную военную службу. Служил в Подмосковье. Там его и застала война. Во время обороны Москвы был ранен, а домой пришла похоронка. В Подмосковье стоит памятник погибшим защитникам Москвы, на котором по ошибке было написано и имя Бондаря П.Д. Через некоторое время после войны, следопыты Подмосковья прислали письмо, чтобы расспросить о погибшем. Ошибку на памятнике Бондарь Пётр Денисович затем объяснял так: «Сведения о себе зашивали в гимнастёрку. Когда привезли в госпиталь, она была полностью в крови. Санитары сняли её, а затем прочитали имя и фамилию солдата, посчитали его мёртвы