С июля 1941 года — участник Великой Отечественной войны. Алексей был в составе Пинского областного подпольного партийного центра, создавал подпольные партийные ячейки на оккупированной территории, проводил организаторскую работу по оказанию сопротивления немецким захватчикам. С сентября 1942 года — уполномоченный ЦК КП(б) Беларуси по Пинской области, а с 1943 года — секретарь Пинского подпольного обкома партии. С 27 апреля по 10 октября 1943 года на должности командира Пинского партизанского соединения.