В первые дни войны, уже лейтенант Мурашко, командовал пулеметным взводом. Часть, в которой служил Владимир, попала в окружение и была разбита. Сам он оказался в плену, из которого ему удалось вырваться. Вернувшись на родину, Владимир почти два года жил у родителей, залечивал раны. В июне 1943 года Мурашко становится бойцом партизанской бригады «За Советскую Белоруссию». Через несколько недель его назначают командиром взвода в отряде «Победитель». С октября он — командир роты, а с конца декабря — начальник штаба партизанского отряда. На счету Владимира Мурашко ни один лично им пущенный под откос вражеский эшелон, участие в уничтожении фашистских автоколонн, разгромы казарм противника, десятки поверженных врагов.