В сентябре 1941 года 776-й стрелковый полк под командованием полковника Сивакова в составе дивизии был переброшен на фронт. И. П. Сиваков принимал участие в боевых действиях на Западном, Северо-Западном, Сталинградском, Донском, Воронежском, 2-м Прибалтийском фронтах. С начала Великой Отечественной войны командуя полком и дивизией, участвовал в оборонительных операциях под Великими Луками, в Сталинградской и Курской битвах, освобождении Украины, Беларуси, Литвы. Трижды ранен. В боях за Великие Луки полк Сивакова в течение трех дней и ночей отражал многочисленные атаки врага и нанес ему большие потери. В районе Каменца более десяти суток полк дрался в окружении не на жизнь, а на смерть. В одном из боев командир был тяжело ранен, попал в госпиталь. В январе 1942 года ещё не зажили раны, а Сиваков снова был в строю и командовал полком на Северо-Западном фронте. В августе 1942 года он прибыл под Сталинград и с первого до последнего дня Сталинградской эпопеи находился на передовой. Командир 71-й гвардейской стрелковой дивизии генерал-майор И. П. Сиваков отличился в ходе Витебско-Оршанской наступательной операции. Дивизия под его командованием прорвала оборону противника на территории Сиротинского района, освободила городской посёлок Шумилино и станцию Сиротино, перерезала железную дорогу и шоссе Полоцк—Витебск. К вечеру 24 июня передовые части дивизии вышли на северный берег Западной Двины и с ходу форсировали её. 25 июня 1944 г. дивизия освободила Бешенковичи. Дивизия в этот период с боями прошла 148 км, освободила 255 населённых пунктов. 27 июля 1944 года генерал-майор И. П. Сиваков погиб в бою на территории Литовской ССР у мызы Анталепте (убит при артобстреле на наблюдательном пункте). Похоронен в Витебске на военном кладбище на Успенской горке.