В период Великой Отечественной войны водила воинские поезда с оружием и боеприпасами к линии фронта — под Ельцом, Сталинградом, Курском, на Днепре. С 1942 года — старший машинист паровозной колонны № 4 особого резерва НКПС СССР (на станции Москва-Киевская), возглавляла комплексную бригаду паровоза «Эм723-88», имея в подчинении две бригады. В 1942 году, ведя состав с военной техникой на Сталинградский фронт, на станции Петров Вал при налёте вражеских бомбардировщиков была ранена. Признание: •Именем Е. М. Чухнюк в честь её 85-летия назван электропоезд «ЭТ2М-045» Октябрьской железной дороги, локомотивное депо станции Крюково (12 марта 2002). •Чухнюк — единственная женщина-машинист паровоза в истории депо Гомель Белорусской железной дороги. 9 мая 1999 года Чухнюк привела на Поклонную гору к мемориалу Великой Победы специальный поезд с ветеранами-железнодорожниками. Биография Елены Чухнюк положена в основу сценария кинофильма «Путь славы» (1948; режиссёры Борис Бунеев, Михаил Швейцер.